Тойота Версо выпускалась с двумя типами трансмиссий:
* Вариатор (CVT): большинство моделей Версо с бензиновыми двигателями оборудованы вариатором.
* 6-ступенчатая автоматическая коробка передач: некоторые модели Версо с дизельными двигателями доступны с 6-ступенчатой автоматической коробкой передач.
